Die europäische Entdeckung der Galapagos-Inseln erfolgte, als der Dominikaner Fray Tomás de Berlanga, der vierte Bischof von Panama, nach Peru segelte, um einen Streit zwischen Francisco Pizarro (einem spanischen Soldaten) und seinen Leutnants beizulegen. De Berlangas Schiff driftete vom Kurs ab, als der Wind nachließ und seine Gruppe am 10. März 1535 die Inseln erreichte. Laut einer Studie von Thor Heyerdahl (norwegischer Schriftsteller und Abenteurer) und Arne Skjølsvold (Schriftsteller) aus dem Jahr 1956 sind Überreste von Tonscherben und anderen Artefakten erhalten von mehreren Orten auf den Inseln schlagen Besuch der südamerikanischen Völker vor der Ankunft der Spanier vor.
Die Inseln tauchten erstmals um 1570 auf Karten auf, die von Abraham Ortelius (Geograph und Kartenhersteller) und Mercator (flämischer Kartenhersteller) gezeichnet wurden. Die Inseln wurden 'Insulae de los Galopegos' (Inseln der Schildkröten ).
Der erste englische Kapitän, der die Galapagos-Inseln besuchte, war 1593 Richard Hawkins (ein englischer Seemann aus dem 17. Jahrhundert). Bis zum Beginn des 19. Jahrhunderts wurde der Archipel häufig von hauptsächlich englischen Piraten als Versteck genutzt, die spanische Galeonen mit Gold und Silber stahlen Südamerika nach Spanien.
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Alexander Selkirk (ein schottischer Seemann), dessen Abenteuer auf den Juan Fernández-Inseln (Inselgruppe, die vom Tourismus im Südpazifik abhängig ist) Daniel Defoe (einen britischen Schriftsteller, Journalisten und Spion) zum Schreiben von Robinson Crusoe inspirierte, besuchte 1708 die Galapagosinseln Er wurde von Juan Fernández vom Freibeuter Woodes Rogers abgeholt. Rogers rüstete seine Schiffe auf den Inseln um, nachdem er Guayaquil (die größte und bevölkerungsreichste Stadt Ecuadors) entlassen hatte.
Die erste wissenschaftliche Mission auf den Galapagosinseln fand 1790 unter der Leitung von Alessandro Malaspina (einem italienisch-spanischen Marineoffizier und Entdecker) statt, dessen Expedition vom spanischen König gesponsert wurde. Die Aufzeichnungen der Expedition gingen jedoch verloren.
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Im Jahr 1793 machte James Colnett eine Beschreibung der Flora und Fauna von Galapagos und schlug vor, dass die Inseln als Basis für die Walfänger im Pazifik verwendet werden könnten. Er zeichnete auch die ersten genauen Navigationskarten der Inseln. Walfänger töteten und erbeuteten Tausende von Galapagos-Schildkröten ihr Fett zu extrahieren.
Die Schildkröten könnten auch an Bord von Schiffen gehalten werden, um frisches Protein bereitzustellen, da diese Tiere an Bord mehrere Monate ohne Futter oder Wasser überleben könnten. Die Jagd auf die Schildkröten war dafür verantwortlich, bestimmte Arten stark zu verringern und in einigen Fällen zu eliminieren. Zusammen mit den Walfängern kamen die Robbenjäger, die die Population dieses Tieres vom Aussterben bedrohten.
Ecuador annektierte am 12. Februar 1832 die Galapagos-Inseln und nannte sie Archipel von Ecuador. Dies war ein neuer Name, der zu mehreren Namen hinzugefügt wurde, die für den Archipel verwendet wurden und werden. Der erste Gouverneur von Galapagos, General José de Villamil, brachte eine Gruppe von Sträflingen mit, um die Insel Floreana zu bevölkern, und im Oktober 1832 schlossen sich einige Handwerker und Bauern an.
Die Reise der Beagle brachte das Vermessungsschiff HMS Beagle unter Kapitän Robert Fitzroy am 15. September 1835 auf die Galapagosinseln, um Annäherungen an Häfen zu vermessen.
Der Kapitän und andere an Bord, einschließlich seines Begleiters, des jungen Naturforschers Charles Darwin, machten auf vier der dreizehn Inseln eine wissenschaftliche Studie über Geologie und Biologie, bevor sie am 20. Oktober abreisten, um ihre Expedition um die Welt fortzusetzen.
Darwin bemerkte, dass die Finken zwischen den Inseln unterschiedlich waren und der Gouverneur der Gefängniskolonie auf Charles Island ihm sagte, dass die Schildkröten von Insel zu Insel unterschiedlich seien. Gegen Ende der Reise spekulierte Darwin, dass diese Tatsachen die Stabilität der Arten untergraben könnten. Bei der Analyse von Vogelproben bei seiner Rückkehr nach England stellte sich heraus, dass es sich bei vielen anscheinend unterschiedlichen Vogelarten um Finkenarten handelte, die auch nur auf Inseln vorkommen. Diese Tatsachen waren entscheidend für Darwins Entwicklung seiner Theorie der natürlichen Selektion (der Prozess, durch den günstige Eigenschaften, die vererbbar sind, in aufeinanderfolgenden Generationen einer Population reproduzierender Organismen häufiger werden), die die Evolution erklärten, die in 'Der Ursprung der Arten' ( eine wegweisende Arbeit in der wissenschaftlichen Literatur).
José Valdizán und Manuel Julián Cobos versuchten eine neue Besiedlung und begannen mit der Ausbeutung einer Flechtenart, die auf den Inseln (Roccella portentosa) als Farbstoff gefunden wurde. Nach der Ermordung von Valdizán durch einige seiner Arbeiter brachte Cobos eine Gruppe von mehr als hundert Arbeitern vom Kontinent auf die Insel San Cristóbal und versuchte sein Glück, Zuckerrohr anzupflanzen. Er regierte in seiner Plantage mit eiserner Hand, was 1904 zu seiner Ermordung führte. Seit 1897 begann Antonio Gil eine weitere Plantage auf der Insel Isabela.
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Während eines ganzen Jahres, ab September 1904, blieb eine Expedition der Akademie der Wissenschaften von Kalifornien unter der Leitung von Rollo Beck auf den Galapagosinseln und sammelte wissenschaftliches Material zu Geologie, Entomologie, Ornithologie, Botanik, Zoologie und Herpetologie. Eine weitere Expedition dieser Akademie wurde 1932 durchgeführt (Templeton Crocker Expedition), um Insekten, Fische, Muscheln, Fossilien, Vögel und Pflanzen zu sammeln.
Während des Zweiten Weltkriegs ermächtigte Ecuador die Vereinigten Staaten, einen Marinestützpunkt auf der Insel Baltra und Radarstationen an anderen strategischen Orten zu errichten.
1946 wurde auf der Insel Isabela eine Strafkolonie gegründet, die jedoch 1959 suspendiert wurde.
1959, anlässlich des einhundertsten Jahrestages der Veröffentlichung von „The Origin of Species“, wurde die Charles Darwin Foundation für die Galapagos-Inseln in Belgien gegründet. Es nahm 1960 den Betrieb auf den Inseln auf und weihte 1964 die Charles Darwin Research Station ein. Damit begann sich ein Teil des Schadens umzukehren.
1965 startete die Forschungsstation ein Programm, bei dem Schildkröteneier gesammelt und zur Forschungsstation gebracht wurden, wo sie geschlüpft und in ein Alter gebracht wurden, in dem sie eine vernünftige Überlebenschance hatten. Sie wurden dann auf ihre Heimatinseln zurückgebracht. Dies geschah gerade rechtzeitig, um die Schildkrötenrasse von Espanola vor dem Aussterben zu bewahren (nur 11 Frauen und 2 Männer blieben von der Espanola-Rasse übrig). Rückgänge in der Bevölkerung anderer Rassen wurden umgekehrt. Später wurde ein ähnliches Programm für initiiert Landleguane .
Der hawaiianische Sturmvogel war ebenfalls vom Aussterben bedroht. Die Brutstätten wurden geschützt und die Population wächst. Ebenfalls 1959 wurden die Galapagosinseln von der ecuadorianischen Regierung zum Nationalpark erklärt. Erst 1968 wurden jedoch die Grenzen des Parks, der 95% des Landes auf den Inseln umfasst, und ein Parkdienst festgelegt. Später wurde der die Inseln umgebende Ozean zum Meeresschutzgebiet erklärt und ebenfalls der Gerichtsbarkeit des Parks unterstellt. Ziegen wurden von mehreren Inseln ausgerottet.
Der organisierte Tourismus begann 1970, als 1000 Touristen die Inseln besuchten. Der Tourismus ist in den 90er Jahren auf geschätzte 60.000 Besucher pro Jahr angewachsen. Die Auswirkungen auf die Inseln wurden durch die Einführung sehr strenger Kontrollen und Vorschriften der Reiseveranstalter auf ein Minimum reduziert. Touristen essen und schlafen auf Ausflugsbooten und dürfen nur in ausgewiesenen Bereichen und dann nur unter Aufsicht von lizenzierten Führern an Land gehen.
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